Покровский женский монастырь был основан Великой Княгиней Александрой Петровной Романовой (в иночестве — Анастасия), супругой Великого Князя Николая Николаевича, третьего сына Императора Николая I.
24 января 1889 года состоялось освящение места постройки будущей обители, возникновение которой было предсказано прп. Феофилом Киевским ещё в 30-х годах ХIХ века; и уже в июле Великая Княгиня перешла сюда на жительство с первыми сестрами из Липок. Она принимала деятельное участие в созидании и налаживании жизни в обители, вложив в это все свои средства.

В 1800—1803 гг. первый викарий Киевской Митрополии епископ Чигиринский Феофан (Шиянов) построил в урочище Лазаревщины, под Киевом, деревянную церковь в честь воспоминания чуда Архистратига Михаила в Хонех и загородный дом для преосвященных наместников Михайловского Златоверхого монастыря. После освящения храма в 1803 г. Киевский митрополит Гавриил (Банулеско) благословил переименовать Лазаревщину в Феофанию. С тех. пор Феофания превратилась в островок молитвы и отдыха для настоятелей Михайловского монастыря.

Расположен на Киево-Подоле, у подножия Флоровской («Замковой», «Киселевки») горы.
Впервые обитель во имя свв. мучч. Флора и Лавра упоминается в 1566 г. в подтвердительной грамоте польского короля Сигизмунда ІІ Августа, данной киевскому протопопу Якову Гулькевичу в наследственное владение, с правом иметь от него доходы.
В 1642 г. киево-печерский монах Иоанн Богуш Гулькевич, внук Я. Гулькевича, безвозмездно уступил права на владение монастырем игуменье Агафье (Гуменицкой) с инокинями с условием, чтобы монастырь всегда оставался «при вере старожитной, греческой православной».

Монастырь основан согласно решению Священного Синода УПЦ 24 января 2007 г. на основе Тихвинской парафии УПЦ. Строителем и духовником обители по благословению Блаженнейшего митрополита Киевского и всея Украины стал архимандрит Исаакий, наместник Свято-Покровского Голосеевского монастыря. Место для строительства обители выбрано неслучайно: согласно преданию, здесь было явление «Тихвинской» иконы Пресвятой Богородицы.