Покровський жіночий монастир був заснований Великою Княгинею Олександрою Петрівною Романовою (в інокинях — Анастасія), дружиною Великого Князя Миколи Миколайовича, третього сина Імператора Миколи І.
24 січня 1889 року відбулося освячення місця будівництва майбутньої обителі, виникнення якої було провіщено прп. Феофілом Київським ще в 30-х роках ХІХ століття; і вже в липні Велика Княгиня перейшла сюди жити з першими сестрами з Липок. Вона брала активну участь в будівництві та налагодженні життя в обителі, вклавши в це всі свої кошти.

У 1800—1803 рр. перший вікарій Київської Митрополії єпископ Чигиринський Феофан (Шиянов) побудував в урочищі Лазаревщині, під Києвом, дерев’яну церкву на честь спогаду дива Архістратига Михайла в Хонах і заміський будинок для преосвященних намісників Михайлівського Золотоверхого монастиря. Після освячення храму в 1803 р. Київський митрополит Гавриїл (Банулеско) благословив перейменувати Лазаревщину у Феофанію. З тих пір Феофания перетворилася на острівець молитви і відпочинку для настоятелів Михайлівського монастиря.

Розташований на Києво-Подолі, біля підніжжя Флорівської («Замкової», «Киселівки») гори. Уперше обитель в ім’я свв. мучч. Флора і Лавра згадується в 1566 р. в стверджувальній грамоті польського короля Сигизмунда ІІ Августа, даній київському протопопу Якову Гулькевичу в спадкове володіння, з правом мати від нього прибутки.

Монастир заснований згідно з рішенням Священного Синоду УПЦ 24 січня 2007 р. на основі Тихвінської парафії УПЦ. Будівельником і духівником обителі по благословенню Блаженнішого митрополита Київського і всієї України Володимира став архімандрит Ісаакій, намісник Свято-Покровського Голосіївського м-ря. Місце для будівництва обителі вибране невипадково: згідно з переказом, тут було явище «Тихвінської» ікони Пресвятої Богородиці, завдяки чому, провулок був названий Тихвінським.